Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Usp28Q5I043 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Usp28Q5I043 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC28.89■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Usp28Q5I043 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
Usp28Q5I043 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Usp28Q5I043 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Usp28Q5I043 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Usp28Q5I043 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Usp28Q5I043 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Usp28Q5I043 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Usp28Q5I043 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.9 ms