Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Col6a1Q04857 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
Col6a1Q04857 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.7 ms