Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Trim58Q5NCC9 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim58Q5NCC9 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.5 ms