Protein–RNA interactions for Protein: Q99JW4

Lims1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 325 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lims1Q99JW4 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Lims1Q99JW4 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Lims1Q99JW4 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.8 ms