Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Mras-201ENSMUST00000035045 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Kcmf1-206ENSMUST00000206378 544 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Col6a1Q04857 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col6a1Q04857 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms