Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ppp1r13b-201ENSMUST00000054815 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Nova2-202ENSMUST00000220302 8372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sdc1P18828 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.6 ms