Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A3Q01955 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms