Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm3619-201ENSMUST00000219947 775 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC116680.1-201ENSMUST00000222804 613 ntTSL 3 BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC124581.2-201ENSMUST00000225459 282 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC154176.1-201ENSMUST00000225897 220 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Lgi3-203ENSMUST00000226548 1001 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mgp-201ENSMUST00000032342 617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Uba52-201ENSMUST00000081940 541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Olfr169-201ENSMUST00000090062 942 ntAPPRIS P1 BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC165148.1-201ENSMUST00000224795 2372 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Agbl4-203ENSMUST00000106587 2631 ntTSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Atxn2l-206ENSMUST00000206577 3894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Clec14a-201ENSMUST00000062254 4571 ntAPPRIS P1 BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pus7l-201ENSMUST00000049151 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Nr1i2-201ENSMUST00000023504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm37744-201ENSMUST00000194616 1590 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm9415-201ENSMUST00000200462 1321 ntBASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Nrbp2-201ENSMUST00000019516 2495 ntTSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Serpinb6b-203ENSMUST00000164541 1719 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ly75-201ENSMUST00000028362 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Lhx9-201ENSMUST00000019374 4937 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gsdmc3-203ENSMUST00000190682 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Tln2-205ENSMUST00000215267 4999 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zbtb21-203ENSMUST00000113734 6010 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Dclk1-204ENSMUST00000196745 7962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pnpla3-201ENSMUST00000045289 4640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ggct-202ENSMUST00000131475 3960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Copb1-201ENSMUST00000033012 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Sun1-205ENSMUST00000110883 3714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Sparc-207ENSMUST00000213866 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm21986-201ENSMUST00000113671 5560 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Nectin4-203ENSMUST00000111286 3201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Slc2a4rg-ps-201ENSMUST00000127559 2976 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pop1-201ENSMUST00000052290 3395 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cfap43-202ENSMUST00000095998 3764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Olfr95-201ENSMUST00000060728 5129 ntAPPRIS P1 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ptpn7-201ENSMUST00000049449 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Afap1-201ENSMUST00000064571 6618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gtf2h5-202ENSMUST00000100955 879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Lypla1-202ENSMUST00000115529 930 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm16518-201ENSMUST00000117960 508 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm14716-201ENSMUST00000120138 718 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm38389-201ENSMUST00000147871 653 ntTSL 3 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mfsd11-212ENSMUST00000153084 1194 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Anp32e-206ENSMUST00000169426 915 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm7929-201ENSMUST00000178711 624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm3015-202ENSMUST00000179803 624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 9330179D12Rik-201ENSMUST00000180569 1105 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mir6407-201ENSMUST00000184510 101 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm43552-201ENSMUST00000196121 365 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm44323-201ENSMUST00000198689 129 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mrpl23-206ENSMUST00000210662 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Pbld1-206ENSMUST00000219687 788 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Them5-201ENSMUST00000029794 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 4930596D02Rik-201ENSMUST00000043266 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm5805-201ENSMUST00000072779 456 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Taar8b-201ENSMUST00000092654 1035 ntAPPRIS P1 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Adgre5-202ENSMUST00000075843 3000 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zfp629-203ENSMUST00000122066 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Zbtb21-202ENSMUST00000063605 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Kif22-ps-201ENSMUST00000119302 1984 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm13126-201ENSMUST00000117079 3063 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Ankrd53-201ENSMUST00000014891 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Oprm1-216ENSMUST00000105611 2420 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cnppd1-202ENSMUST00000168720 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 1700010I14Rik-203ENSMUST00000151609 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Bzw2-201ENSMUST00000020856 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm6641-201ENSMUST00000196100 1315 ntBASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mov10-203ENSMUST00000106775 3584 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Mov10-206ENSMUST00000166979 3584 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 2610028H24Rik-202ENSMUST00000105415 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cipc-208ENSMUST00000189246 1454 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Atxn7l3-203ENSMUST00000107134 3712 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Cd160-203ENSMUST00000165991 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Upp2-201ENSMUST00000059102 2498 ntTSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Prnd-201ENSMUST00000110169 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Proser3-201ENSMUST00000062708 1905 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Kalrn-202ENSMUST00000089655 6506 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 AC160562.2-201ENSMUST00000216374 2201 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 CT025645.2-201ENSMUST00000223278 3827 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Kcne4-201ENSMUST00000057262 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Oprm1-222ENSMUST00000135502 1363 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rtn4ip1-201ENSMUST00000054418 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Tsc2-201ENSMUST00000097373 6018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Rrm2b-201ENSMUST00000022901 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Uspl1-202ENSMUST00000100410 3148 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm15612-201ENSMUST00000147542 3118 ntTSL 2 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Slc6a12-209ENSMUST00000171008 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Col6a4-201ENSMUST00000121963 7371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Xrcc6-201ENSMUST00000069530 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Herc6-201ENSMUST00000031817 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Klhl22-202ENSMUST00000120488 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Sdhc-202ENSMUST00000111336 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Vmn1r38-202ENSMUST00000227493 3486 ntAPPRIS P1 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Arih2-201ENSMUST00000013338 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Arhgap45-202ENSMUST00000099501 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm10479-201ENSMUST00000101568 318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Krtap4-9-201ENSMUST00000105059 1059 ntAPPRIS P1 BASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm12856-201ENSMUST00000119471 1293 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm10169-201ENSMUST00000121822 348 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Usp4P35123 Gm11988-201ENSMUST00000122321 1069 ntBASIC11.05□□□□□ -0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39 ms