Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Cyp2g1-201ENSMUST00000040944 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Vil1-201ENSMUST00000027366 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Clu-201ENSMUST00000022616 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Igkv3-10-201ENSMUST00000103397 356 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm25766-201ENSMUST00000104101 131 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Sf3b5-201ENSMUST00000105139 3841 ntAPPRIS P1 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Ccl27a-204ENSMUST00000108035 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Ccl27a-205ENSMUST00000108036 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Rtn2-202ENSMUST00000108468 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Igf1-205ENSMUST00000121952 798 ntTSL 3 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Treml4-202ENSMUST00000125426 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Cntrobos-201ENSMUST00000132834 383 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm11789-203ENSMUST00000140645 737 ntTSL 2 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Cideb-201ENSMUST00000001497 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Apoe-210ENSMUST00000174710 514 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm2449-201ENSMUST00000180676 585 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Psmb6-201ENSMUST00000018430 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm28388-201ENSMUST00000186262 437 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Pdcd5-ps-201ENSMUST00000191699 381 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gtf3c6-201ENSMUST00000019982 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Fxyd4-202ENSMUST00000203066 522 ntTSL 3 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm44420-201ENSMUST00000203669 490 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 AC165154.1-201ENSMUST00000226661 340 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm10020-201ENSMUST00000081993 612 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Nup50-201ENSMUST00000165443 4741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Actbl2-201ENSMUST00000054716 2737 ntAPPRIS P1 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm15774-201ENSMUST00000141810 2176 ntTSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 D630003M21Rik-202ENSMUST00000103121 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm13104-201ENSMUST00000119651 1446 ntBASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Eef2k-204ENSMUST00000106489 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Olfr1090-202ENSMUST00000215991 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Fgf14-201ENSMUST00000026631 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Zfp830-201ENSMUST00000056677 1591 ntAPPRIS P1 BASIC11.15□□□□□ -0.62
Usp4P35123 Gm44798-201ENSMUST00000208123 2410 ntBASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dnajc14-202ENSMUST00000217745 4133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nop2-201ENSMUST00000044200 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm11426-201ENSMUST00000125600 2220 ntTSL 2 BASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 BC035947-201ENSMUST00000170511 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Sh2d3c-201ENSMUST00000074248 3092 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm21874-202ENSMUST00000190315 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Mgat5-201ENSMUST00000038361 8436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ncoa2-201ENSMUST00000006037 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 D030028A08Rik-202ENSMUST00000131501 3542 ntTSL 2 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Hspd1-ps4-201ENSMUST00000121815 1668 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Adgrl3-215ENSMUST00000120673 5178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Aasdhppt-201ENSMUST00000051589 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm21759-201ENSMUST00000178345 1828 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Srp54a-207ENSMUST00000110708 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp141-203ENSMUST00000174407 4069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Stat5a-201ENSMUST00000004145 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dhdds-209ENSMUST00000144668 3219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Tmprss3-202ENSMUST00000114549 2872 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm25063-201ENSMUST00000104666 94 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Hist1h2bk-201ENSMUST00000110455 476 ntAPPRIS P1 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm15554-201ENSMUST00000120406 913 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 4930405O22Rik-201ENSMUST00000164605 954 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm20420-201ENSMUST00000173178 639 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm8531-201ENSMUST00000188319 893 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm40414-201ENSMUST00000197608 481 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nras-208ENSMUST00000200069 831 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm43458-201ENSMUST00000200791 462 ntTSL 3 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm45717-201ENSMUST00000211129 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 AC164105.2-201ENSMUST00000215484 524 ntTSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm34809-203ENSMUST00000222945 509 ntTSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nudt2-201ENSMUST00000030154 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Atp5h-201ENSMUST00000043931 625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Asna1-201ENSMUST00000064314 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm5544-201ENSMUST00000098828 891 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Fgd4-204ENSMUST00000161188 2214 ntTSL 2 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Spert-201ENSMUST00000035243 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Bmp3-203ENSMUST00000200388 6609 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm37909-201ENSMUST00000193157 2159 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Tor1aip2-201ENSMUST00000060404 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ptpre-208ENSMUST00000211788 2331 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Srpk1-204ENSMUST00000130643 4465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 A930003O13Rik-202ENSMUST00000197486 3098 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 AC160340.2-201ENSMUST00000220812 3675 ntBASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cdkl2-201ENSMUST00000069937 3976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Fam53c-202ENSMUST00000097622 4256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gatb-203ENSMUST00000107674 1980 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ppcdc-201ENSMUST00000085709 2744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Adat1-201ENSMUST00000034427 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cacna1c-224ENSMUST00000219018 7516 ntTSL 5 BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Mfsd11-201ENSMUST00000021173 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Mkrn1-204ENSMUST00000114823 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Mgme1-201ENSMUST00000028910 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp474-201ENSMUST00000072666 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Atxn1l-201ENSMUST00000093162 7526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Spdye4a-203ENSMUST00000195900 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm12248-202ENSMUST00000218429 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Anks1b-203ENSMUST00000099368 2799 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ttpal-207ENSMUST00000171696 4522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Smok3a-202ENSMUST00000171498 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Elavl1-204ENSMUST00000209010 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm7103-201ENSMUST00000195642 1852 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Wdr46-ps-201ENSMUST00000200591 1712 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Rgs12-204ENSMUST00000114281 3439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm7278-201ENSMUST00000119836 1401 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Chst15-202ENSMUST00000080215 4813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm23272-201ENSMUST00000104053 129 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.3 ms