Protein–RNA interactions for Protein: Q8BTS4

Nup54, Nuclear pore complex protein Nup54, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 510 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nup54Q8BTS4 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Nup54Q8BTS4 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Nup54Q8BTS4 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.4 ms