Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Rnf40Q3U319 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Rnf40Q3U319 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Rnf40Q3U319 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Rnf40Q3U319 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Rnf40Q3U319 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Rnf40Q3U319 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Rnf40Q3U319 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rnf40Q3U319 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rnf40Q3U319 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Rnf40Q3U319 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Rnf40Q3U319 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rnf40Q3U319 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Rnf40Q3U319 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Rnf40Q3U319 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Rnf40Q3U319 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Rnf40Q3U319 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Rnf40Q3U319 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Rnf40Q3U319 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Rnf40Q3U319 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Rnf40Q3U319 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Rnf40Q3U319 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Rnf40Q3U319 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Rnf40Q3U319 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.3 ms