Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

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Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ndufs5-201ENSMUST00000030401 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Il1f10-201ENSMUST00000058056 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cthrc1-201ENSMUST00000067072 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Parp14-201ENSMUST00000042665 7417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Lima1-201ENSMUST00000073691 4215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Sgk3-203ENSMUST00000168907 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Prpf40b-202ENSMUST00000118287 3129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cnga4-201ENSMUST00000033187 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Coch-201ENSMUST00000085412 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Lingo1-201ENSMUST00000053568 3295 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Optc-205ENSMUST00000153617 1615 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 C530044C16Rik-201ENSMUST00000204275 1624 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cdadc1-203ENSMUST00000167100 2243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 B630019A10Rik-201ENSMUST00000149488 2407 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tgfb1i1-201ENSMUST00000070656 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cacna1s-202ENSMUST00000112068 6018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Dzip1l-203ENSMUST00000112885 4350 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm11571-201ENSMUST00000136820 2396 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Etv3-201ENSMUST00000117293 2151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Kcnab2-207ENSMUST00000160884 3922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ece1-201ENSMUST00000102518 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Hmg20a-205ENSMUST00000215269 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Nos1ap-203ENSMUST00000160466 1533 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Pck2-201ENSMUST00000048781 3400 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Sparc-209ENSMUST00000216313 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Olfr520-202ENSMUST00000220185 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Mlc1-202ENSMUST00000109368 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Scamp1-203ENSMUST00000152555 1877 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Prkcd-201ENSMUST00000022521 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tspear-201ENSMUST00000092366 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Timeless-201ENSMUST00000055539 4457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Sparcl1-201ENSMUST00000031249 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Mcfd2-204ENSMUST00000144236 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Syk-201ENSMUST00000055087 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm14190-201ENSMUST00000105073 153 ntAPPRIS P1 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm5150-201ENSMUST00000108347 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Inca1-202ENSMUST00000108541 1150 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Inca1-205ENSMUST00000126114 1189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm26047-201ENSMUST00000157308 113 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 H2-Q3-201ENSMUST00000172583 608 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rpl41-203ENSMUST00000176683 437 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Prox2os-201ENSMUST00000177043 1133 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm26047-202ENSMUST00000198840 115 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm32352-201ENSMUST00000212465 688 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 AC113082.1-201ENSMUST00000217324 327 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm4065-201ENSMUST00000218715 763 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 1700011B04Rik-212ENSMUST00000223526 889 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 AC135469.1-201ENSMUST00000225984 772 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Inca1-201ENSMUST00000073625 1218 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 H3f3a-201ENSMUST00000081026 888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Calm1-201ENSMUST00000001204 3987 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Icam1-201ENSMUST00000086399 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 C4a-207ENSMUST00000160679 5371 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Top3a-204ENSMUST00000120417 2318 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Pax5-203ENSMUST00000107825 1445 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tia1-211ENSMUST00000130967 1445 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm38901-201ENSMUST00000202448 3008 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Erbin-201ENSMUST00000022222 6369 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Megf11-202ENSMUST00000093829 3652 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 1700017B05Rik-201ENSMUST00000034846 4152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Slc18a1-201ENSMUST00000037478 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cux1-204ENSMUST00000175975 10945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Lrrc8a-201ENSMUST00000095078 4301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tex13c1-201ENSMUST00000105113 2074 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zfp932-203ENSMUST00000112540 2081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Il34-201ENSMUST00000076846 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm10684-201ENSMUST00000098827 2203 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm10463-202ENSMUST00000195772 2889 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Nell2-202ENSMUST00000166170 3366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zfand2a-201ENSMUST00000079996 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Pygl-201ENSMUST00000071250 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Nxpe5-201ENSMUST00000110929 2312 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tubb4b-ps2-201ENSMUST00000187481 1337 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rufy2-202ENSMUST00000119567 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Nln-205ENSMUST00000224945 2486 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Scaf1-201ENSMUST00000085383 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gmip-202ENSMUST00000123453 3443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Megf11-201ENSMUST00000068967 6680 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Vwa5b2-207ENSMUST00000159780 4042 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Palb2-204ENSMUST00000106469 2559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ralgps1-202ENSMUST00000091039 2738 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Armcx2-202ENSMUST00000113193 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Krtap4-8-201ENSMUST00000107439 983 ntAPPRIS P1 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm7851-201ENSMUST00000117574 323 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm6506-201ENSMUST00000119775 1136 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Anp32a-205ENSMUST00000135395 924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Bhmt-ps1-201ENSMUST00000178743 1224 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm28778-201ENSMUST00000190734 785 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm43916-201ENSMUST00000205062 967 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm45113-201ENSMUST00000207518 165 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm4157-201ENSMUST00000211647 679 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zfp36l1-203ENSMUST00000218835 292 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Olfr462-201ENSMUST00000049743 936 ntAPPRIS P1 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm4978-201ENSMUST00000071565 801 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Iqcf1-201ENSMUST00000085114 613 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Olfr1250-201ENSMUST00000099768 1139 ntAPPRIS P1 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Pla2g16-202ENSMUST00000136465 3048 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cd300lg-201ENSMUST00000017453 2353 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Apba2-201ENSMUST00000032732 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm11735-201ENSMUST00000106377 1581 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 78.8 ms