Protein–RNA interactions for Protein: Q8K2Z2

Prpf39, Pre-mRNA-processing factor 39, mousemouse

Predictions only

Length 665 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Prpf39Q8K2Z2 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Prpf39Q8K2Z2 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.33■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Prpf39Q8K2Z2 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Prpf39Q8K2Z2 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms