Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Tmtc1-201ENSMUST00000060095 8383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Wnk2-211ENSMUST00000162581 6628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Sdc1P18828 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tmtc1-202ENSMUST00000100772 8269 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Fyn-204ENSMUST00000126486 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms