Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NUDT4-201ENST00000337179 9753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
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CHD3Q12873 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
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CHD3Q12873 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
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CHD3Q12873 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 WDR33-201ENST00000322313 9471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
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