Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Sc5d-202ENSMUST00000169609 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
Trim28Q62318 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Trim28Q62318 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Trim28Q62318 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.8 ms