Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Hist1h2ap-201ENSMUST00000081342 482 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Col18a1P39061 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col18a1P39061 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.7 ms