Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Adi1-201ENSMUST00000020957 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Lnx1-206ENSMUST00000121690 2302 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Sparc-201ENSMUST00000018737 2300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Eprs-201ENSMUST00000046514 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Plrg1-202ENSMUST00000122128 1608 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Abhd14b-209ENSMUST00000216130 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm6034-201ENSMUST00000097331 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Wsb2-202ENSMUST00000111959 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Lrrc18-204ENSMUST00000120951 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ttc4-201ENSMUST00000026480 2121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mrc2-201ENSMUST00000021038 3335 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ly6e-210ENSMUST00000188866 2068 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Nmral1-202ENSMUST00000079130 1459 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Treh-201ENSMUST00000034609 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Dnajc5-201ENSMUST00000072334 6578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ifi35-201ENSMUST00000010502 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rabggtb-201ENSMUST00000089950 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Arsa-202ENSMUST00000165199 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ercc4-201ENSMUST00000023206 3480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr658-202ENSMUST00000210641 2915 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr658-201ENSMUST00000089296 2912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Nmral1-203ENSMUST00000115851 1306 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Sh2d7-202ENSMUST00000118413 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cry2-201ENSMUST00000090559 3976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Herc4-208ENSMUST00000219577 3914 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ciz1-204ENSMUST00000113334 2871 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Scd2-201ENSMUST00000026221 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rhox2b-201ENSMUST00000115191 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm8213-201ENSMUST00000118191 441 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm11803-201ENSMUST00000119966 444 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm15703-201ENSMUST00000120250 880 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Prkaca-ps1-201ENSMUST00000120823 919 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm27206-201ENSMUST00000154038 979 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Nudt17-202ENSMUST00000171249 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Aif1-206ENSMUST00000173324 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm37753-201ENSMUST00000192178 439 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm43179-201ENSMUST00000198797 275 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Chfr-212ENSMUST00000200038 606 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm44756-201ENSMUST00000206172 1069 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Reep1-202ENSMUST00000212631 953 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mrps22-201ENSMUST00000035034 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr54-201ENSMUST00000072152 942 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr1375-201ENSMUST00000073543 942 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rpl10l-201ENSMUST00000081908 1023 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr707-201ENSMUST00000088687 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr1532-ps1-201ENSMUST00000098140 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Trim46-202ENSMUST00000090924 2721 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cacna1g-204ENSMUST00000107785 7523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Kcnip4-207ENSMUST00000176191 2116 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm44260-201ENSMUST00000204946 2094 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 A430057M04Rik-201ENSMUST00000169054 3835 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mgmt-201ENSMUST00000081510 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 BC017643-201ENSMUST00000038709 2417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 5930412G12Rik-201ENSMUST00000091324 2403 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Clpb-201ENSMUST00000001884 4627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cdh22-201ENSMUST00000065438 3702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Plekhg6-201ENSMUST00000042647 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Dctn4-202ENSMUST00000223590 1530 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ccnc-204ENSMUST00000120679 1453 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mon1b-202ENSMUST00000179926 3470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tgfb2-206ENSMUST00000195201 3485 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Slc44a2-201ENSMUST00000034697 3456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rbm4-206ENSMUST00000180248 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Lats2-207ENSMUST00000173990 3834 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ky-201ENSMUST00000039390 5837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Asap1-201ENSMUST00000023008 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
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Usp4P35123 Ccdc89-201ENSMUST00000061391 2093 ntAPPRIS P1 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ces1d-201ENSMUST00000034172 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Apoc1-202ENSMUST00000108451 532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm14966-202ENSMUST00000129675 649 ntTSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm14064-201ENSMUST00000134833 727 ntTSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 5330425B07Rik-201ENSMUST00000196714 1027 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm43416-201ENSMUST00000201916 1015 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm6013-201ENSMUST00000212264 699 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm36198-201ENSMUST00000217490 416 ntTSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mrto4-ps1-201ENSMUST00000220565 721 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gtf2e1-201ENSMUST00000023525 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm45897-201ENSMUST00000212679 1998 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ip6k3-201ENSMUST00000025046 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Lrmp-201ENSMUST00000032396 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Hk3-203ENSMUST00000126234 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Olfr56-202ENSMUST00000102785 1930 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Zfp1-203ENSMUST00000212072 1930 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Bace1-201ENSMUST00000034591 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rps6kb1-202ENSMUST00000058286 3250 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Plaur-201ENSMUST00000002284 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Trak1-213ENSMUST00000211439 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tmem200a-203ENSMUST00000218232 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Eif1ax-201ENSMUST00000087143 5172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Alg13-202ENSMUST00000070801 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Npnt-203ENSMUST00000093971 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Pnpla6-202ENSMUST00000111070 4496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Trim46-201ENSMUST00000041022 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Intu-202ENSMUST00000091186 6387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm14685-202ENSMUST00000179117 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Vax2os-201ENSMUST00000123402 1435 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm34370-201ENSMUST00000209385 1410 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rfx6-204ENSMUST00000219364 2682 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37 ms