Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Catsper4-201ENSMUST00000055892 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gpr153-201ENSMUST00000055754 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Usp3-211ENSMUST00000174387 1901 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Pcdhb1-201ENSMUST00000052366 2588 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Sim2-201ENSMUST00000072182 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Hspa2-202ENSMUST00000219555 2526 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Snap23-202ENSMUST00000110711 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ncs1-201ENSMUST00000000199 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Klhl18-203ENSMUST00000198164 4538 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Sema4a-214ENSMUST00000166237 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Otud4-202ENSMUST00000173078 7354 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm44292-201ENSMUST00000205194 2364 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Asap1-216ENSMUST00000177083 4415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Map10-201ENSMUST00000053078 3542 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ddx31-201ENSMUST00000113853 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm43364-201ENSMUST00000196046 3274 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Lrfn3-201ENSMUST00000046351 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Spert-204ENSMUST00000169658 1474 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ppil6-201ENSMUST00000105507 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ift20-202ENSMUST00000108275 582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Eif5a-205ENSMUST00000108608 775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm9062-201ENSMUST00000117712 727 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm12501-201ENSMUST00000119163 529 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm40983-201ENSMUST00000222524 502 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 AC151275.1-201ENSMUST00000224870 585 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Lamc2-201ENSMUST00000027753 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Atg4c-203ENSMUST00000180278 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm20125-205ENSMUST00000208005 1979 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ccser2-202ENSMUST00000090024 7509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Tardbp-204ENSMUST00000105699 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gga3-202ENSMUST00000106508 3582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Prkg1-202ENSMUST00000073581 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Reck-201ENSMUST00000030198 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Cbarp-214ENSMUST00000169546 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Stx3-203ENSMUST00000075304 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Hspb7-201ENSMUST00000102486 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 F11-201ENSMUST00000034064 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Dgke-201ENSMUST00000000285 5208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 P3h2-201ENSMUST00000039990 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Tmem159-201ENSMUST00000033210 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ntpcr-202ENSMUST00000065135 1497 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Mier3-203ENSMUST00000109272 5279 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Eif4ebp2-201ENSMUST00000020288 5784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Irf9-205ENSMUST00000138037 2343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm37391-201ENSMUST00000194891 2318 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm17435-202ENSMUST00000212699 1998 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Mkl2-203ENSMUST00000115809 667 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Rab15-202ENSMUST00000118604 778 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Rab15-203ENSMUST00000121716 739 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm8100-201ENSMUST00000182906 988 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm42997-202ENSMUST00000200321 985 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 1700011B04Rik-212ENSMUST00000223526 889 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 H1foo-201ENSMUST00000037831 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Rpl17-201ENSMUST00000079716 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm10702-201ENSMUST00000098929 1268 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Nars-201ENSMUST00000025483 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Iqsec1-202ENSMUST00000101153 8036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Spata48-201ENSMUST00000020410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Dgkb-205ENSMUST00000221176 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Neu2-201ENSMUST00000070898 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Sde2-201ENSMUST00000038091 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Dnmt3c-201ENSMUST00000119996 2223 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ksr1-207ENSMUST00000226282 5260 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Apol7c-201ENSMUST00000062562 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 AC126257.1-201ENSMUST00000213195 1536 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Rtbdn-204ENSMUST00000152378 2322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Npepps-219ENSMUST00000172108 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Oasl1-201ENSMUST00000031540 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Scube1-205ENSMUST00000171496 7824 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Mfrp-205ENSMUST00000206308 4037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Rpl11-201ENSMUST00000102536 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Ccl27a-203ENSMUST00000108033 428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Pcbd2-202ENSMUST00000124968 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm11683-201ENSMUST00000147006 918 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 D630008O14Rik-202ENSMUST00000149909 1043 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Smim5-203ENSMUST00000152171 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm22902-201ENSMUST00000158488 302 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 1110038B12Rik-208ENSMUST00000174714 520 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm8888-201ENSMUST00000177677 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm5523-201ENSMUST00000180415 997 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Mir124-2hg-207ENSMUST00000189868 535 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm2965-201ENSMUST00000198365 343 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 1700012D14Rik-202ENSMUST00000209959 629 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm45484-201ENSMUST00000210310 1141 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gm14267-206ENSMUST00000226870 1209 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 AC121960.1-201ENSMUST00000227982 564 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Tmem258-201ENSMUST00000040372 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Apc-201ENSMUST00000066133 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 1700001J03Rik-201ENSMUST00000073721 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Cgn-201ENSMUST00000107272 4963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Iffo2-201ENSMUST00000040023 5227 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Abcb6-201ENSMUST00000027396 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Phldb1-210ENSMUST00000134465 5244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Dbn1-201ENSMUST00000021950 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Diaph1-204ENSMUST00000115631 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Cyp2d34-201ENSMUST00000109515 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Trim28Q62318 Gtf2ird1-205ENSMUST00000100654 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.7 ms