Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3bQ3ULL6 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3bQ3ULL6 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3bQ3ULL6 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3bQ3ULL6 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3bQ3ULL6 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3bQ3ULL6 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.7 ms