Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
Col8a1Q00780 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Cmtm7-204ENSMUST00000216760 665 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Col8a1Q00780 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Col8a1Q00780 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms