Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Traf1P39428 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Ikbip-202ENSMUST00000020150 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Traf1P39428 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
Traf1P39428 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Traf1P39428 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
Traf1P39428 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Traf1P39428 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Traf1P39428 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Traf1P39428 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Traf1P39428 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.7 ms