Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Hras-207ENSMUST00000168550 2272 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Sdc1P18828 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gm15441-202ENSMUST00000107095 1653 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Cbx6-203ENSMUST00000109627 5806 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Sdc1P18828 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49 ms