Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP53Q70EK8 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.1 ms