Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AP000438.1-201ENST00000543624 749 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CUX1P39880 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CUX1P39880 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms