Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim28Q62318 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim28Q62318 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Trim28Q62318 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Trim28Q62318 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Trim28Q62318 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Trim28Q62318 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.2 ms