Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Trim28Q62318 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim28Q62318 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim28Q62318 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim28Q62318 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.5 ms