Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp28Q5I043 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Usp28Q5I043 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Usp28Q5I043 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Usp28Q5I043 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.3 ms