Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
Col6a3E9PWQ3 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a3E9PWQ3 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a3E9PWQ3 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col6a3E9PWQ3 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms