Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms