Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Eomes-201ENSMUST00000035020 3560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ap4b1-204ENSMUST00000106824 2412 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Abcg8-202ENSMUST00000170725 2415 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Tmem143-203ENSMUST00000209350 2466 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Lmntd2-202ENSMUST00000170841 2077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm10339-203ENSMUST00000225409 1671 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gngt2-207ENSMUST00000107714 558 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm10109-202ENSMUST00000206890 1211 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm32390-201ENSMUST00000212713 1172 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm10608-202ENSMUST00000213924 676 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 AC124171.1-201ENSMUST00000221151 567 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 CT573086.1-201ENSMUST00000227202 1074 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm10109-201ENSMUST00000072123 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Rtn4-201ENSMUST00000060992 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Prrx1-202ENSMUST00000075805 4986 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Uvrag-201ENSMUST00000037968 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Camkk2-201ENSMUST00000111668 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Fam71a-201ENSMUST00000171798 2234 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm5637-201ENSMUST00000153890 1119 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Cox16-206ENSMUST00000168463 431 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 H2al1g-201ENSMUST00000179859 509 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm16740-201ENSMUST00000181819 956 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm43298-201ENSMUST00000200887 866 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm43930-201ENSMUST00000203868 845 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Cga-201ENSMUST00000029975 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Tescl-201ENSMUST00000069562 855 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Hipk3-202ENSMUST00000111124 4125 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Clptm1-201ENSMUST00000055242 4143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Hacd4-201ENSMUST00000030221 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Col9a2-201ENSMUST00000030372 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gtf2h5-201ENSMUST00000039487 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Mmp14-206ENSMUST00000225641 3238 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Dao-203ENSMUST00000161610 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gpr19-208ENSMUST00000165392 1643 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gpr19-202ENSMUST00000066107 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 1300002E11Rik-202ENSMUST00000181780 1650 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Frmd4b-203ENSMUST00000113355 4913 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Dolpp1-202ENSMUST00000113612 1958 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 4930579G24Rik-201ENSMUST00000029388 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gabra4-201ENSMUST00000031121 4108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ccdc151-201ENSMUST00000044926 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Med15-201ENSMUST00000012259 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ccdc50-203ENSMUST00000100026 7089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ushbp1-201ENSMUST00000049184 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Dym-201ENSMUST00000039608 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Agbl3-202ENSMUST00000115012 790 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Agbl3-203ENSMUST00000115014 805 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Rpl3-ps2-201ENSMUST00000117131 1214 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm4909-201ENSMUST00000118749 794 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm29396-201ENSMUST00000185659 716 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm29264-201ENSMUST00000191240 1264 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm5850-201ENSMUST00000192923 1206 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm45564-201ENSMUST00000210460 530 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Msantd3-201ENSMUST00000061135 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Foxi2-201ENSMUST00000060356 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Galnt14-201ENSMUST00000024858 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ccdc88c-202ENSMUST00000085096 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm2606-201ENSMUST00000100754 1002 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Parp3-203ENSMUST00000123555 2495 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm13716-201ENSMUST00000126401 808 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 F630206G17Rik-201ENSMUST00000137002 685 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm11754-201ENSMUST00000156576 661 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Pbx2-203ENSMUST00000173328 1990 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm17518-201ENSMUST00000181232 1346 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm27682-201ENSMUST00000183930 110 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ggt5-203ENSMUST00000189972 648 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gabarapl1-204ENSMUST00000204956 539 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Plin1-203ENSMUST00000205413 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 D9Wsu149-201ENSMUST00000214169 594 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gm7293-201ENSMUST00000216682 1007 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Traf2-201ENSMUST00000028311 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 2310002L09Rik-201ENSMUST00000030101 958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Cc2d1b-201ENSMUST00000030320 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Cnnm2-201ENSMUST00000077666 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Rtn3-203ENSMUST00000088169 1709 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Repin1-201ENSMUST00000009420 3145 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Gopc-201ENSMUST00000020008 4216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Atp2a2-202ENSMUST00000177974 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Slc39a8-202ENSMUST00000081978 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Arhgef33-202ENSMUST00000223878 3253 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Arhgef33-201ENSMUST00000068175 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Dr1-201ENSMUST00000031190 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Il17re-202ENSMUST00000058548 2940 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Mon1a-202ENSMUST00000191906 2821 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Sh3bp5-201ENSMUST00000091903 2684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Slc52a3-204ENSMUST00000109861 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Atp6ap1-201ENSMUST00000019231 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Cdt1-201ENSMUST00000006760 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Dzip1-201ENSMUST00000004055 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Ecm1-202ENSMUST00000117507 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim41Q5NCC3 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.9 ms