Protein–RNA interactions for Protein: P28481

Col2a1, Collagen alpha-1(II) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col2a1P28481 Osm-201ENSMUST00000075221 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ppp2r1a-201ENSMUST00000007708 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Me2-201ENSMUST00000025439 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Avpr2-201ENSMUST00000033765 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Trim80-201ENSMUST00000093914 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Arhgef33-201ENSMUST00000068175 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Fam174a-202ENSMUST00000186780 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 N4bp3-201ENSMUST00000001080 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Agbl3-205ENSMUST00000115017 3719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Csnk2a2-201ENSMUST00000056919 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 A430005L14Rik-202ENSMUST00000105645 977 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Fgf8-203ENSMUST00000111924 630 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Spata3-202ENSMUST00000113344 1047 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Isg20-204ENSMUST00000121645 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm12050-201ENSMUST00000127483 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm12843-201ENSMUST00000137607 601 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm8801-201ENSMUST00000173255 1064 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm29154-230ENSMUST00000215044 1165 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Exosc7-201ENSMUST00000026891 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Mecr-201ENSMUST00000030742 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Pcdh1-203ENSMUST00000160721 5416 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm42853-201ENSMUST00000201273 1387 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 AC101945.2-201ENSMUST00000227886 1377 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Lix1l-201ENSMUST00000062058 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cfap45-201ENSMUST00000085894 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Bscl2-210ENSMUST00000171649 1962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Stip1-201ENSMUST00000025918 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Lrrc17-201ENSMUST00000035651 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Zfp410-201ENSMUST00000045931 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cpped1-203ENSMUST00000121750 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Rtn3-201ENSMUST00000025667 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Unc5d-204ENSMUST00000210785 3404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Aqp11-205ENSMUST00000206389 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Plxdc1-203ENSMUST00000107565 2439 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Men1-208ENSMUST00000113504 2663 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cdkn1a-202ENSMUST00000119901 748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm6161-201ENSMUST00000121942 1102 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Polr3c-202ENSMUST00000125183 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Pcp2-206ENSMUST00000144977 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ccdc158-203ENSMUST00000150359 3353 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Hnrnpa3-207ENSMUST00000164947 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm6254-201ENSMUST00000168178 1072 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm6153-201ENSMUST00000172004 1058 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm9242-201ENSMUST00000177820 1074 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 AW209491-202ENSMUST00000178289 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ggt5-203ENSMUST00000189972 648 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm5641-202ENSMUST00000198699 1080 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Smpd2-201ENSMUST00000019965 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 3830422I06Rik-201ENSMUST00000200199 1181 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Sh2b1-204ENSMUST00000205497 2854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm20083-202ENSMUST00000206663 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ddo-203ENSMUST00000213503 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Dcaf4-208ENSMUST00000223291 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm9823-201ENSMUST00000051212 327 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Slc30a10-201ENSMUST00000061093 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Olfm1-202ENSMUST00000100244 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 B230217C12Rik-202ENSMUST00000155954 2181 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Csk-209ENSMUST00000217314 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Hoxd10-201ENSMUST00000061745 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Sirt3-210ENSMUST00000211179 1606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Zfp422-202ENSMUST00000079749 3187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Sdccag8-202ENSMUST00000056773 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Toe1-202ENSMUST00000106455 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Fgf18-202ENSMUST00000109363 991 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm12347-201ENSMUST00000127883 470 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 P2rx4-204ENSMUST00000139631 1030 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Sumo3-206ENSMUST00000141228 772 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 P2rx4-206ENSMUST00000142664 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ppm1h-208ENSMUST00000162969 811 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm31651-201ENSMUST00000198864 560 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 AC154462.2-201ENSMUST00000227519 370 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Tmem116-201ENSMUST00000031405 1288 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Scgb3a2-201ENSMUST00000043803 842 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 F11r-201ENSMUST00000043839 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Gm12500-202ENSMUST00000186471 2428 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Ushbp1-201ENSMUST00000049184 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Med22-202ENSMUST00000102899 3506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col2a1P28481 Srp68-202ENSMUST00000106425 2330 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.1 ms