Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Vps28Q9D1C8 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms