Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
ShhQ62226 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
ShhQ62226 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
ShhQ62226 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Serp2-204ENSMUST00000228055 705 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ShhQ62226 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
ShhQ62226 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
ShhQ62226 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
ShhQ62226 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
ShhQ62226 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 82.7 ms