Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a1Q04857 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Col6a1Q04857 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 85.3 ms