Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Medag-201ENSMUST00000093110 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Rspry1-202ENSMUST00000121101 3092 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Edem3-201ENSMUST00000059498 6327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Camp-201ENSMUST00000112022 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm18827-201ENSMUST00000188341 790 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm37230-201ENSMUST00000194491 818 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm36634-201ENSMUST00000218356 1259 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Cnpy2-201ENSMUST00000026446 763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Mal-201ENSMUST00000028853 486 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Srrm3-204ENSMUST00000144211 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Metap1d-201ENSMUST00000037210 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Lmf1-202ENSMUST00000116641 1858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Lmf1-201ENSMUST00000063344 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Runx2-202ENSMUST00000113571 5898 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Kctd14-204ENSMUST00000205577 2310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ablim2-205ENSMUST00000114205 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Knop1-205ENSMUST00000116280 5382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nrcam-202ENSMUST00000110748 6275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ss18l1-201ENSMUST00000041126 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Otop3-201ENSMUST00000019006 2422 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Plin5-201ENSMUST00000019808 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 As3mt-201ENSMUST00000003655 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Pcdha1-201ENSMUST00000070797 5248 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Il18r1-204ENSMUST00000193391 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Cgn-202ENSMUST00000107273 5016 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Mrpl44-201ENSMUST00000027464 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Pole-203ENSMUST00000112482 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Snhg20-201ENSMUST00000145438 459 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm26618-201ENSMUST00000181123 497 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm27731-201ENSMUST00000185192 107 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Abhd14b-202ENSMUST00000185347 1200 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 2310040G24Rik-202ENSMUST00000189386 775 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ctnnb1-201ENSMUST00000007130 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ythdf3-203ENSMUST00000191774 3196 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Rasa4-201ENSMUST00000042135 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Olfr317-202ENSMUST00000215513 2769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Brd2-203ENSMUST00000114242 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Hmga2-201ENSMUST00000072777 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 2010007H06Rik-202ENSMUST00000186025 4934 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Tubb3-201ENSMUST00000071134 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Zfp410-201ENSMUST00000045931 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Midn-202ENSMUST00000099492 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Parg-202ENSMUST00000163350 3374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Clec4g-201ENSMUST00000058040 1441 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Chd1-205ENSMUST00000173311 4211 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Kdm7a-201ENSMUST00000002305 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Irf8-205ENSMUST00000162001 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm16796-201ENSMUST00000126086 3172 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Npas3-204ENSMUST00000223358 3143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm8749-201ENSMUST00000117737 331 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm12329-201ENSMUST00000120829 1007 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Trim3-205ENSMUST00000147044 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Rpl13a-201ENSMUST00000150350 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm2495-201ENSMUST00000191160 466 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Wdr45-225ENSMUST00000208443 1172 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Emc4-201ENSMUST00000028551 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm10570-201ENSMUST00000097865 513 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Lrif1-202ENSMUST00000098751 929 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nfatc1-204ENSMUST00000170905 4896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm43697-201ENSMUST00000199637 2581 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ptcd2-201ENSMUST00000022153 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Trim11-203ENSMUST00000108810 2301 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Cobl-201ENSMUST00000046755 5615 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Zfp879-202ENSMUST00000109133 2229 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Ilvbl-209ENSMUST00000218885 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Pid1-204ENSMUST00000176559 1564 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Pcdh20-201ENSMUST00000061628 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Hmbs-202ENSMUST00000097558 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nup62-205ENSMUST00000208626 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nup62-201ENSMUST00000057195 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Otud6b-201ENSMUST00000117268 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Rhot1-202ENSMUST00000055056 4260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Wac-201ENSMUST00000074919 3070 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Snx19-201ENSMUST00000164099 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nop56-202ENSMUST00000103198 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Cyp2f2-201ENSMUST00000003100 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Tpbg-202ENSMUST00000098500 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Cdc37l1-204ENSMUST00000224511 2944 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 4930459C07Rik-202ENSMUST00000219638 1805 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm11814-201ENSMUST00000119515 929 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm12134-201ENSMUST00000122109 520 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Gm17077-201ENSMUST00000133179 279 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Pisd-ps2-202ENSMUST00000142526 1175 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Col6a1Q04857 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms