Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Upf3bQ3ULL6 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Upf3bQ3ULL6 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Upf3bQ3ULL6 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 423.5 ms