Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rnf34-201ENSMUST00000031434 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Kcnk6-201ENSMUST00000085818 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Tfe3-211ENSMUST00000137467 3390 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Foxi2-201ENSMUST00000060356 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Samhd1-202ENSMUST00000088523 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Aph1a-202ENSMUST00000056710 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Bmp3-202ENSMUST00000197143 2739 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Epo-202ENSMUST00000111038 855 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Tmsb4x-202ENSMUST00000112175 864 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm16156-201ENSMUST00000141168 713 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Dhrs7c-205ENSMUST00000168612 1108 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm5253-201ENSMUST00000187104 1025 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 6030498E09Rik-201ENSMUST00000050744 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Cspg5-204ENSMUST00000197850 7868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Cyp4x1os-201ENSMUST00000153951 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Dmkn-204ENSMUST00000085691 2007 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Pxylp1-203ENSMUST00000119141 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Ak1-202ENSMUST00000113277 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Hcn3-201ENSMUST00000029686 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Tmem38b-201ENSMUST00000030127 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Rbmx-202ENSMUST00000114726 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Cnksr2-202ENSMUST00000112513 4471 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Rrp1b-201ENSMUST00000081339 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Fgfr2-207ENSMUST00000117872 4223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Atg16l1-201ENSMUST00000027512 3130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Cobll1-201ENSMUST00000090896 4867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Usp4P35123 Prkcd-207ENSMUST00000112210 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm11405-201ENSMUST00000118689 1556 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Kat8-201ENSMUST00000033070 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Ywhag-205ENSMUST00000198270 1610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Fbxo21-206ENSMUST00000202447 3959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Eif4g1-203ENSMUST00000115457 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Sh3bp5-202ENSMUST00000100730 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 AC130669.1-201ENSMUST00000228537 1672 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Atp2a3-201ENSMUST00000021142 4593 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Zfp169-203ENSMUST00000176176 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 AI606473-201ENSMUST00000177201 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Tmem110-201ENSMUST00000006701 3742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Pex2-202ENSMUST00000071280 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 0610010K14Rik-204ENSMUST00000102569 778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Nme1-202ENSMUST00000107844 452 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Mdk-204ENSMUST00000111309 771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Nudt6-208ENSMUST00000146324 1264 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm26308-201ENSMUST00000157768 69 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Washc3-202ENSMUST00000171151 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Fau-202ENSMUST00000178310 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm9726-201ENSMUST00000180321 678 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm38708-201ENSMUST00000203855 677 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Tspan18-201ENSMUST00000028646 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Chchd2-201ENSMUST00000094280 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Atp6v0c-202ENSMUST00000098862 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Scube1-201ENSMUST00000016907 3991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Gpr155-202ENSMUST00000076463 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Tfap2a-201ENSMUST00000021787 3487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Nr1i3-203ENSMUST00000111328 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Nfat5-203ENSMUST00000125721 5899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Ggh-201ENSMUST00000098242 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Rad9a-201ENSMUST00000025740 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Nrip2-202ENSMUST00000120405 1468 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Stip1-201ENSMUST00000025918 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Zfp574-202ENSMUST00000179556 4140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Hsd17b11-202ENSMUST00000119025 2234 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Usp4P35123 Rad54l2-201ENSMUST00000046502 9305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Slc8b1-203ENSMUST00000111889 1624 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Txndc11-202ENSMUST00000118362 4248 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Kcnj8-201ENSMUST00000032374 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Kcnk13-204ENSMUST00000177549 3075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Dlg5-203ENSMUST00000090398 7851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Asb18-201ENSMUST00000086882 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Ankhd1-214ENSMUST00000155329 8223 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Mast2-201ENSMUST00000003908 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Usp33-201ENSMUST00000026507 4153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Lipe-202ENSMUST00000054301 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm26732-201ENSMUST00000181807 2771 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Rpl36-ps8-201ENSMUST00000121187 315 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 4930481B07Rik-201ENSMUST00000128160 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm30097-202ENSMUST00000194580 329 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Scamp5-203ENSMUST00000214256 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 AC151836.1-202ENSMUST00000226259 753 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Atp5o-201ENSMUST00000023677 838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Cidea-201ENSMUST00000025404 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Ly6k-201ENSMUST00000060301 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Mrps36-202ENSMUST00000078573 571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Pigg-201ENSMUST00000031189 3427 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm26559-201ENSMUST00000181939 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Tdg-208ENSMUST00000151390 3502 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Tepsin-203ENSMUST00000106225 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Gm16685-201ENSMUST00000181286 1592 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Dgki-202ENSMUST00000090314 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Ccp110-202ENSMUST00000106557 5073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Usp4P35123 Mrps35-201ENSMUST00000036111 4162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.6 ms