Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 AL669916.2-201ENSMUST00000213219 358 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Kmt5c-203ENSMUST00000108583 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Maged2-203ENSMUST00000112699 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Sema6c-202ENSMUST00000090823 4029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Naa40-201ENSMUST00000025675 3275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Il17rd-203ENSMUST00000225146 3366 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Psmd14-201ENSMUST00000028278 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Sp6-202ENSMUST00000107622 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Gan-201ENSMUST00000064488 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Snai3-201ENSMUST00000006762 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Dpp6-201ENSMUST00000071500 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Malt1-202ENSMUST00000224056 4028 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Dnmt3b-209ENSMUST00000109773 4148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Rbpjl-201ENSMUST00000017151 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Flt4-201ENSMUST00000020617 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Skida1-201ENSMUST00000066885 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Rnf40Q3U319 Mfsd4a-205ENSMUST00000144548 3288 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 9330118I20Rik-201ENSMUST00000203390 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Olfr1460-ps1-201ENSMUST00000208975 899 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 AC106830.1-201ENSMUST00000228032 1003 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Egr3-204ENSMUST00000225200 3940 ntAPPRIS P2 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm26718-201ENSMUST00000181048 1378 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ephb1-202ENSMUST00000085169 4101 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 B3gnt4-201ENSMUST00000031384 1423 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Slc7a15-204ENSMUST00000165657 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Slc7a15-202ENSMUST00000095863 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Dlk1-205ENSMUST00000109844 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Cyp4f18-201ENSMUST00000003574 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 P2rx3-202ENSMUST00000111613 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ntng2-201ENSMUST00000048455 1770 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Apc-202ENSMUST00000079362 8867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Sned1-201ENSMUST00000062202 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Men1-207ENSMUST00000113503 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Klf12-201ENSMUST00000097079 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hells-201ENSMUST00000025965 5868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Wdr73-201ENSMUST00000026816 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Car10-203ENSMUST00000107858 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Jade1-204ENSMUST00000170711 2896 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Itga6-202ENSMUST00000112101 4156 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Dzip1-202ENSMUST00000047208 4476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pdpk1-204ENSMUST00000115409 4623 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Col18a1-201ENSMUST00000072755 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Mink1-203ENSMUST00000079244 4829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Igf2-201ENSMUST00000000033 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nr4a2-203ENSMUST00000112629 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Map6-205ENSMUST00000207883 3431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Rpn2-202ENSMUST00000116380 2756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Men1-202ENSMUST00000078137 2738 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Spata21-201ENSMUST00000051907 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Plxdc1-203ENSMUST00000107565 2439 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tmod2-208ENSMUST00000215614 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Iah1-204ENSMUST00000223345 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hlcs-202ENSMUST00000163193 5371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Pcgf5-211ENSMUST00000225920 6443 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm29246-201ENSMUST00000189221 349 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hapln4-201ENSMUST00000007738 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Slc25a15-201ENSMUST00000033871 3430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Azi2-201ENSMUST00000044454 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Chtf8-202ENSMUST00000175940 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tnks1bp1-202ENSMUST00000111605 5747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tsku-206ENSMUST00000179780 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Sipa1-202ENSMUST00000080824 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Zyg11a-203ENSMUST00000223127 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Rgs6-203ENSMUST00000185665 2201 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Lrrc17-201ENSMUST00000035651 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm34376-201ENSMUST00000218529 2107 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Hspa8-202ENSMUST00000117557 2019 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ak1-201ENSMUST00000068271 2034 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Coq4-201ENSMUST00000028137 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Nol10-201ENSMUST00000046011 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Cpeb3-210ENSMUST00000136286 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Zfp276-201ENSMUST00000001092 4071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Lamc2-201ENSMUST00000027753 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Fmnl2-205ENSMUST00000155586 3939 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Lhx1-201ENSMUST00000018842 3846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tspan32-204ENSMUST00000105923 1499 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Ltbp4-201ENSMUST00000038618 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Irx6-201ENSMUST00000034185 3370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tsn-201ENSMUST00000027623 7063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Tmed5-202ENSMUST00000061203 2194 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Rnf40Q3U319 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.9 ms