Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Rpl17-ps4-201ENSMUST00000120241 555 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Wfdc2-201ENSMUST00000017867 849 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm3436-201ENSMUST00000179930 840 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Inpp4a-213ENSMUST00000193774 1243 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm46209-201ENSMUST00000217912 553 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm18624-201ENSMUST00000220966 658 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Kmt5c-202ENSMUST00000108582 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Fbxo30-202ENSMUST00000129456 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Slco3a1-202ENSMUST00000098371 2709 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Endou-202ENSMUST00000100249 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Tesk2-203ENSMUST00000106459 2444 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Hsph1-209ENSMUST00000202089 3054 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 AC131743.5-201ENSMUST00000220775 1618 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Rcor1-202ENSMUST00000116388 2720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Col16a1-201ENSMUST00000044565 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Muc3a-201ENSMUST00000179412 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Slc25a19-201ENSMUST00000021089 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Camta1-202ENSMUST00000097774 8533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm15806-201ENSMUST00000120696 955 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm16175-201ENSMUST00000128181 248 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm14285-201ENSMUST00000146049 380 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm9522-201ENSMUST00000182394 926 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Tbc1d17-209ENSMUST00000207293 692 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Tlcd2-201ENSMUST00000043598 1153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Appbp2-201ENSMUST00000018625 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Arsi-201ENSMUST00000040359 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Dcaf13-201ENSMUST00000022909 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Fam84b-201ENSMUST00000100635 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm26578-201ENSMUST00000181702 4611 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Vrk3-201ENSMUST00000002275 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 AC174678.1-201ENSMUST00000228007 2749 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Fbxl16-201ENSMUST00000045692 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Nap1l5-201ENSMUST00000059539 1844 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Slc43a3-201ENSMUST00000090726 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Zbtb14-203ENSMUST00000112676 3909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Efcab14-204ENSMUST00000106525 2792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 2310016G11Rik-202ENSMUST00000209111 733 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Wdr74-201ENSMUST00000049424 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Zfp316-201ENSMUST00000051665 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Zfp647-201ENSMUST00000048854 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Eml5-210ENSMUST00000223282 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm10814-201ENSMUST00000180505 1933 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gxylt2-201ENSMUST00000032157 7658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm44443-201ENSMUST00000204396 5633 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm3045-201ENSMUST00000212844 1825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm43598-201ENSMUST00000202482 2479 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 AC164565.1-201ENSMUST00000217520 1484 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Cdhr5-201ENSMUST00000080654 2133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Lamp2-201ENSMUST00000016678 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Rnf114-202ENSMUST00000109214 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Cd1d1-202ENSMUST00000063869 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Otud4-202ENSMUST00000173078 7354 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Fbxw11-203ENSMUST00000109366 3821 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Lpar5-201ENSMUST00000088292 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm10406-202ENSMUST00000170738 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Trim41-201ENSMUST00000047145 3432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Arf2-201ENSMUST00000057921 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Nme1-202ENSMUST00000107844 452 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Arvcf-205ENSMUST00000115614 4698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Ip6k2-210ENSMUST00000194875 748 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Pdlim7-202ENSMUST00000069929 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Pcgf1-201ENSMUST00000092614 866 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col6a1Q04857 Pdhb-201ENSMUST00000022268 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Eif2b1-201ENSMUST00000031334 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Phldb1-211ENSMUST00000135436 2844 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Rapsn-203ENSMUST00000111446 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Ccnj-203ENSMUST00000120057 3783 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Csnk2a2-201ENSMUST00000056919 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Ldhal6b-201ENSMUST00000189788 1445 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Dhrs4-201ENSMUST00000022821 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Mbl1-202ENSMUST00000225792 1563 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Spryd4-201ENSMUST00000061995 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Casc4-201ENSMUST00000078752 4215 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Derl1-201ENSMUST00000022993 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Unc50-202ENSMUST00000114925 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Ube2j2-206ENSMUST00000118192 922 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Gm15701-201ENSMUST00000129559 573 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Nabp1-202ENSMUST00000185534 708 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col6a1Q04857 Taf11-201ENSMUST00000025057 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.9 ms