Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Ddx28Q9CWT6 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Ddx28Q9CWT6 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Ddx28Q9CWT6 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.8 ms