Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Upf3bQ3ULL6 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Upf3bQ3ULL6 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Upf3bQ3ULL6 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Upf3bQ3ULL6 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 360 ms