Protein–RNA interactions for Protein: P50431

Shmt1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, mousemouse

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shmt1P50431 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Shmt1P50431 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Shmt1P50431 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Shmt1P50431 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Shmt1P50431 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 67.6 ms