Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm14042-201ENSMUST00000120139 833 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Krtap16-3-201ENSMUST00000179707 601 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Lrcol1-202ENSMUST00000185691 764 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gm31728-201ENSMUST00000192164 435 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 1700020A23Rik-201ENSMUST00000028898 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Vps25-202ENSMUST00000042477 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gpam-201ENSMUST00000061856 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Myod1-201ENSMUST00000072514 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Rbm15-201ENSMUST00000061772 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Oser1-202ENSMUST00000104954 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 9630013D21Rik-204ENSMUST00000156790 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 G2e3-202ENSMUST00000119211 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Rufy3-205ENSMUST00000198965 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gm9115-201ENSMUST00000120192 1348 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gm10044-201ENSMUST00000081331 1312 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Dcaf17-201ENSMUST00000064141 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 4930431F12Rik-202ENSMUST00000199309 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Arhgef40-216ENSMUST00000182760 5130 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Cilp2-201ENSMUST00000057831 4314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Acbd5-203ENSMUST00000114526 3725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gata4-202ENSMUST00000118022 3374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Lat2-201ENSMUST00000036362 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Psmc3-202ENSMUST00000067663 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Gm22189-201ENSMUST00000103822 86 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Mul1-203ENSMUST00000105815 473 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Rab11fip4os2-201ENSMUST00000123067 689 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Mir6420-201ENSMUST00000185032 102 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Fkbp2-201ENSMUST00000070878 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Pabpn1l-201ENSMUST00000093059 1148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Pkn2-201ENSMUST00000043812 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Mon1b-201ENSMUST00000035777 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col6a1Q04857 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Bmp8b-201ENSMUST00000002457 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tpm1-214ENSMUST00000113701 1677 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Fam241b-204ENSMUST00000125704 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Sectm1a-203ENSMUST00000106119 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Actl7b-201ENSMUST00000095080 1439 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gale-201ENSMUST00000102540 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Hpcal4-202ENSMUST00000106246 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Rbpms2-202ENSMUST00000169003 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Narfl-201ENSMUST00000002350 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dnase1l2-201ENSMUST00000088506 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-203ENSMUST00000125921 666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-206ENSMUST00000135228 544 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-207ENSMUST00000143448 591 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm13066-201ENSMUST00000145263 884 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Atpif1-203ENSMUST00000152993 462 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Commd6-203ENSMUST00000168587 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 4833428L15Rik-201ENSMUST00000181230 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm45668-201ENSMUST00000211271 493 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 4933405L10Rik-202ENSMUST00000211852 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Akr1b7-201ENSMUST00000007449 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm31774-201ENSMUST00000212910 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ntf3-201ENSMUST00000050484 1483 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Nid1-201ENSMUST00000005532 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Mettl7a1-201ENSMUST00000067752 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Xrcc1-201ENSMUST00000063249 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ehd4-201ENSMUST00000028755 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm5320-201ENSMUST00000207163 1519 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Atp2b3-203ENSMUST00000114479 4637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ralgapa1-201ENSMUST00000085385 7901 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Suco-201ENSMUST00000048377 6327 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 2610027K06Rik-203ENSMUST00000140673 2076 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Cradd-201ENSMUST00000053594 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Npnt-206ENSMUST00000117811 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm833-201ENSMUST00000143133 884 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm16000-201ENSMUST00000146657 447 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Flt3l-201ENSMUST00000146760 1075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Gm12091-201ENSMUST00000146791 830 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Snu13-203ENSMUST00000166578 1061 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 Ighv8-7-201ENSMUST00000194349 297 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col6a1Q04857 4930592C13Rik-201ENSMUST00000196791 661 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.6 ms