Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Siglecf-201ENSMUST00000012798 2510 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Pcsk4-201ENSMUST00000020340 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Kpna6-201ENSMUST00000003828 2195 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm15173-201ENSMUST00000122049 433 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ubl5-204ENSMUST00000160682 489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm45144-201ENSMUST00000207473 354 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 AC122024.2-201ENSMUST00000220086 871 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Zfp706-204ENSMUST00000226671 447 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 AC154757.1-201ENSMUST00000228289 336 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Nck1-202ENSMUST00000116522 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Cbln4-201ENSMUST00000087950 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 9930104L06Rik-201ENSMUST00000094769 2911 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Fkbp10-202ENSMUST00000107400 1467 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 AC122301.2-201ENSMUST00000219020 1474 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Pak1-205ENSMUST00000206984 2794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Tsc22d1-202ENSMUST00000048371 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ephb2-201ENSMUST00000059287 4804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Marveld3-202ENSMUST00000051430 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Cdk11b-203ENSMUST00000105600 3170 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Retreg3-201ENSMUST00000017946 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Rabggta-202ENSMUST00000163889 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Apbb1-215ENSMUST00000190369 1882 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm42471-201ENSMUST00000201457 1865 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Col9a2-201ENSMUST00000030372 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Loxl2-202ENSMUST00000100420 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 4933426K07Rik-201ENSMUST00000143009 1548 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Cchcr1-202ENSMUST00000164242 2656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Zfp503-201ENSMUST00000043409 4216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Mcmbp-201ENSMUST00000057557 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Zfp865-201ENSMUST00000076251 7503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gfod1-201ENSMUST00000055341 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm12503-201ENSMUST00000146576 3127 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Grm7-201ENSMUST00000071076 3127 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Repin1-201ENSMUST00000009420 3145 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm13418-201ENSMUST00000119097 944 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm26664-201ENSMUST00000181140 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ndufaf8-202ENSMUST00000185558 427 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm43767-201ENSMUST00000198933 381 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm7506-201ENSMUST00000207758 815 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Lce1l-201ENSMUST00000054426 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Rnf135-201ENSMUST00000017839 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Lamc1-201ENSMUST00000027752 7622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Alpl-201ENSMUST00000030551 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm6297-201ENSMUST00000181475 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Rhpn1-201ENSMUST00000023244 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Hnrnpa2b1-201ENSMUST00000069949 1647 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Cep85l-205ENSMUST00000220443 7425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Spg20-201ENSMUST00000044116 3770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ctu2-201ENSMUST00000116412 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Chtf8-202ENSMUST00000175940 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Plxnc1-201ENSMUST00000099337 7302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 4932422M17Rik-201ENSMUST00000195992 2639 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Chdh-201ENSMUST00000067620 5690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm17315-201ENSMUST00000181408 2504 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Aldh1a3-203ENSMUST00000174209 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Aptx-202ENSMUST00000068125 5383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Srsf10-204ENSMUST00000105853 3058 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Olfr55-201ENSMUST00000112168 948 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm15358-201ENSMUST00000119249 520 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Gm16160-201ENSMUST00000160105 781 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 AC093926.2-201ENSMUST00000214468 1228 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Rhot1-202ENSMUST00000055056 4260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 St8sia2-201ENSMUST00000026896 5368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Kpna4-201ENSMUST00000029353 8819 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Grik5-201ENSMUST00000003468 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Rrnad1-206ENSMUST00000160074 1620 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Klc2-201ENSMUST00000025798 2940 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Vps26b-201ENSMUST00000034470 3575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Ppp1r15a-202ENSMUST00000167273 2809 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Tcf25-208ENSMUST00000212571 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Specc1-209ENSMUST00000201671 2523 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Vav1-201ENSMUST00000005889 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Pccb-201ENSMUST00000035116 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Acp6-201ENSMUST00000090759 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Lipo3-201ENSMUST00000025694 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Vamp2-201ENSMUST00000021273 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Trim10-201ENSMUST00000060524 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Tgif2-201ENSMUST00000073352 2690 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Klhdc3-201ENSMUST00000071841 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usp4P35123 Atp6v1c2-201ENSMUST00000020884 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.8 ms