Protein–RNA interactions for Protein: P11416

Rara, Retinoic acid receptor alpha, mousemouse

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RaraP11416 Pim1-201ENSMUST00000024811 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Mbp-202ENSMUST00000062446 2186 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Gm20708-201ENSMUST00000132298 1780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Pou2f3-202ENSMUST00000176636 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Arfip1-203ENSMUST00000143514 1343 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 AC119177.1-201ENSMUST00000227647 1332 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Clcnka-201ENSMUST00000042617 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 A930006K02Rik-201ENSMUST00000149172 776 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Washc3-202ENSMUST00000171151 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 1110038F14Rik-201ENSMUST00000071792 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Aldh16a1-201ENSMUST00000107815 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Med15-201ENSMUST00000012259 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Rbfox3-201ENSMUST00000017576 3150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Usp53-201ENSMUST00000090379 6185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Srcin1-202ENSMUST00000107593 3733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RaraP11416 Rasal3-204ENSMUST00000135618 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Dmkn-204ENSMUST00000085691 2007 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Dbndd1-201ENSMUST00000176155 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Smim1-201ENSMUST00000125533 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Col8a2-201ENSMUST00000070132 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Wsb1-201ENSMUST00000017821 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Fam208a-201ENSMUST00000022450 7590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Islr2-210ENSMUST00000215950 4109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Sap25-206ENSMUST00000177466 1005 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 5033428I22Rik-203ENSMUST00000210614 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Plpp2-205ENSMUST00000218241 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Mccc2-201ENSMUST00000022148 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 5430427M07Rik-202ENSMUST00000221524 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 CT010506.4-201ENSMUST00000225457 351 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Olfr30-201ENSMUST00000055204 1066 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
RaraP11416 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Ss18l1-201ENSMUST00000041126 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Gopc-201ENSMUST00000020008 4216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Rcn3-201ENSMUST00000019683 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Rcn3-208ENSMUST00000211352 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Eif4g3-205ENSMUST00000105831 6235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pank3-201ENSMUST00000018990 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Atp2a2-202ENSMUST00000177974 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RaraP11416 Phf12-201ENSMUST00000049167 4410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Lims2-201ENSMUST00000025254 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Acss1-201ENSMUST00000028944 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Adam10-201ENSMUST00000067880 4593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Tmem198b-201ENSMUST00000051011 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Lipo3-201ENSMUST00000025694 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pcyox1l-201ENSMUST00000025472 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
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RaraP11416 Rgs6-203ENSMUST00000185665 2201 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
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RaraP11416 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Krtcap3-208ENSMUST00000201937 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pycr1-201ENSMUST00000026133 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Dnase1l2-202ENSMUST00000119932 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Slc4a2-201ENSMUST00000080067 4179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RaraP11416 Brpf1-209ENSMUST00000204198 4307 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Sesn1-201ENSMUST00000041438 2600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Wdtc1-202ENSMUST00000105906 4057 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Vta1-205ENSMUST00000154132 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 9330182L06Rik-202ENSMUST00000115348 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Mterf4-202ENSMUST00000112942 1525 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Tomm34-202ENSMUST00000109384 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 4930429P21Rik-202ENSMUST00000194547 2061 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Cyp27a1-201ENSMUST00000027356 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pdia2-202ENSMUST00000120333 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Zfp74-203ENSMUST00000108211 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Zglp1-201ENSMUST00000115494 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Gm15598-201ENSMUST00000156965 763 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Batf-201ENSMUST00000040536 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Ndufs8-201ENSMUST00000075092 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Pomgnt1-202ENSMUST00000106496 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 4932422M17Rik-201ENSMUST00000195992 2639 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Tle3-210ENSMUST00000161207 2592 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 Fundc1-201ENSMUST00000026016 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RaraP11416 1700034H15Rik-202ENSMUST00000139827 4354 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms