Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Traf1P39428 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Traf1P39428 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Traf1P39428 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Traf1P39428 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Traf1P39428 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Traf1P39428 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Traf1P39428 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Traf1P39428 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Traf1P39428 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Traf1P39428 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Traf1P39428 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Traf1P39428 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Traf1P39428 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms