Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Ints3-203ENSMUST00000196530 3778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Fndc7-201ENSMUST00000053065 3009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Mdfic-201ENSMUST00000101663 3431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Mdfic-206ENSMUST00000189359 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Mdfic-207ENSMUST00000190255 3431 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem141-205ENSMUST00000142087 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20878-206ENSMUST00000153997 903 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm17114-201ENSMUST00000164716 511 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm4189-202ENSMUST00000174167 367 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm16845-202ENSMUST00000216270 567 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Lrrc26-201ENSMUST00000028337 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
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Sh3rf1Q69ZI1 Fam169b-206ENSMUST00000210558 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnma1-228ENSMUST00000224468 3753 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Sh3rf1Q69ZI1 Ebag9-202ENSMUST00000226165 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Leng9-201ENSMUST00000058358 2460 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm10010-201ENSMUST00000071101 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Fam169b-202ENSMUST00000125685 2821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Phf12-201ENSMUST00000049167 4410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Hnrnpr-202ENSMUST00000105850 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Trmt10c-201ENSMUST00000059052 3002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Ss18l1-201ENSMUST00000041126 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp553-202ENSMUST00000106312 3342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Tsc22d1-208ENSMUST00000142683 797 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Lap3-201ENSMUST00000046122 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Abl2-201ENSMUST00000027888 3549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26608-201ENSMUST00000180740 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Itfg1-201ENSMUST00000034140 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Trim11-203ENSMUST00000108810 2301 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Adgrb2-201ENSMUST00000030571 4734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Sipa1-203ENSMUST00000164304 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp423-202ENSMUST00000109655 4907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Epha2-201ENSMUST00000006614 3913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Brd2-203ENSMUST00000114242 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Urah-207ENSMUST00000211372 688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Urah-201ENSMUST00000026554 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Lsmem1-201ENSMUST00000095760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Fnbp1-208ENSMUST00000113560 4726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Sh3rf1Q69ZI1 Tbc1d2-202ENSMUST00000107750 1941 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Cdk18-201ENSMUST00000027697 4355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Clptm1-201ENSMUST00000055242 4143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Rtf1-201ENSMUST00000028767 4664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Lrp11-203ENSMUST00000130590 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26534-201ENSMUST00000181687 1724 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Capn7-201ENSMUST00000022451 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Iqcm-201ENSMUST00000034033 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Coa3-201ENSMUST00000017332 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sh3rf1Q69ZI1 Gm44487-201ENSMUST00000205145 325 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.5 ms