Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc39Q9D5Y1 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Ccdc39Q9D5Y1 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Ccdc39Q9D5Y1 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.84
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc39Q9D5Y1 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.3 ms