Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Col6a1Q04857 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col6a1Q04857 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col6a1Q04857 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59.2 ms